NiceHash QuickMinerを終了した後に、オーバークロックとファンの設定は復元されますか？

はい、復元されます。NiceHash QuickMinerを終了した後で、最適化プロファイルを適用するか、OCTuneを使ってカスタムをオーバークロックに設定すると、オーバークロック設定とファンプロファイル設定がNiceHash QuickMinerが起動する前の値に復元されます。