簡潔にお答えすると、減りません。
残高はNiceHashのマイニングアドレスに紐付けられているからです。いつでもNiceHash Minerを終了してアップデートしたり、PCをシャットダウンした後にマイニングを再開することができます。ただし、マイニングしていない時 (PCの電源が切れている時、NiceHash Minerが起動していなかったりアクティブではない時) は、残高は増えませんのでご注意ください。